用于研究生物燃料原料的全基因组测序水稻突变体资源

网络整理 2019-06-12 15:12

“这种较量清楚地证明白测序突变体群体用于快速遗传阐明的本领,”罗纳德说。

利用这个突变体荟萃,Grass Genetics小组确定了一个反转影响单个基因作为短粒子表型的致病突变,在一个突变系中,人口只有50株植物。对比之下,研究人员需要高出16,000株植物利用传统要领判断沟通的基因。

Kitaake(Oryza sativa L. ssp.japonica)在短短9周内完成其生命周期,对光周期变革不敏感。这一新颖的收集将加快水稻和其他票据叶植物的成果性遗传研究,这是一种包罗草的着花植物物种。

在先前颁发的一项试验性研究中,Li,Mawsheng Chern和Rashmi Jain,“植物细胞”论文的配合第一作者证明,快中子辐射在Kitaake中发生了富厚多样的突变,包罗单碱基代替,缺失,插入,倒位,易位和反复。Li指出,其他用于发生水稻突变体群的技能,如插入基因和染色体片断以及利用CRISPR-Cas9等基因编辑东西,凡是会发生单一范例的突变。

“人们此刻利用的一些最受接待的水稻品种每年只有两代.Kitaake最多有四代,这真正加快了成果基因组学事情,”劳伦斯伯克利国度尝试室(伯克利尝试室)的项目科学家Guotian Li说。和JBEI的Grass Genetics副主任。

这种高密度,高判别率的突变目次为研究人员提供了发明节制多种生物途径的新基因和成果元件的时机。为了便于开放会见该资源,Grass Genetics小构成立了一个名为KitBase的派别网站,答允用户查找与突变体收罗相关的信息,包罗每个水稻品系的序列,突变和表型数据。

水稻是世界一半以上人口的主食,也是研究高粱,柳枝稷和芒草等待选生物能源草的规范。为了优化作物的生物燃料出产,科学家们正在寻找可以或许节制要害性状的基因,如产量,抗病本领和水分操作效率。

用于研究生物燃料原料的全基因组测序水稻突变体资源

在植物细胞颁发的一篇论文中,由Pamela Ronald率领的团队,加州大学戴维斯分校基因组中心传授和植物病理学系传授,以及能源部(DOE)连系生物能源研究所(JBEI)草地遗传学主任来自加州大学戴维斯分校和美国能源部连系基因组研究所(JGI)的相助者陈诉了第一个全基因组测序的快中子诱导的Kitaake突变种群,这是一种生命周期短的模式水稻品种。

种群的突变植物,具有改变的一个或多个基因的每一个,是为阐发基因成果的重要东西。通过单核苷酸程度的全基因组测序,研究人员可以通过调查特定性状的得到或丧失来揣度基因的成果。但现有水稻突变体荟萃的效用受到若干因素的限制,包罗品种相对较长的6个月生命周期和大大都突变体系缺乏序列信息。

该突变体群体的全基因组测序 - 总共1,504行,包围率为45倍 - 使研究人员可以或许以单核苷酸判别率确定每个突变。他们确定了影响32,307个基因的91,513个突变,占约莫389个兆碱基水稻基因组中所有基因的58%。个中很大一部门是成果丧失突变。

“快中子照射引起差异范例的突变并给出差异的基因等位基因,因此我们真的可以得到其他收集无法实现的对象,”他说。

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